Дони начал свою карьеру в 1999 году в клубе «Ботафого (Рибейран-Прету)». Затем выступал за «Коринтианс», где сыграл 59 матчей за два года. В 2004 году перешёл в «Сантос», где не смог пробиться в состав, потом перебрался в «Крузейро», где также пробыл недолго.

В 2005 году пришёл в «Жувентуде», где сразу стал основным вратарём. Показывая хороший уровень игры, попал в поле зрения итальянской «Ромы», которая приобрела его 31 августа того же года — в последний день летнего трансферного окна.

Поначалу в первом своём сезоне за римлян Дони проигрывал борьбу за место в воротах игроку итальянской молодёжной сборной Джанлуке Курчи, но вскоре вытеснил его из состава. В сезоне 2007/08 хорошо проявил себя, став одним из лучших вратарей Серии A.

15 июля 2011 года подписал контракт с английским «Ливерпулем».