Натан Экклстон родился 30 декабря 1990 года в Манчестере.

Экклстон отправился в молодёжную команду «Ливерпуля» из «Бери» когда ему было 15 лет. В сезоне 2008—2009 он играл в команде с составом до 18 лет; на следующий сезон попал в резервную команду, за которую дебютировал 27 августа, забив два гола в ворота Блэкберна (поражение в гостях 2:3).

6 сентября Экклстон был заявлен на групповой стадии Лиги чемпионов.

28 октября он дебютировал в основном составе, заменив на 88-й минуте матча Кубка Лиги против «Арсенала» Филиппа Дегена. Через 3 дня Экклстоун впервые появился на поле в матче премьер-лиги, выйдя на замену на 78-й минуте встречи с «Фулхэмом» вместо Бенаюна. Оба матча «Ливерпуль» проиграл.